新しくsambaをセットアップして気づいたのですが、シンボリックリンクに対する動作が、以前と異なっているようですね。

Samba-3.3.11 以降から、以下の設定を必要とするようです。

 

follow symlinks = Yes
wide links = Yes
unix extensions = No

これで、以前と同様にシンボリックリンクを辿ることができるようになりました。
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